Linq sumando en el select.

var result = ctx.Permiso
.Include(x => x.PermisoDetalles)
.Where(x => x.Activo == true && x.idEmpleado == idEmpleado
&& fecha >= x.fechaInicio && fecha <= x.fechaFin && x.idEstado.ToString().Substring(2, 2) == "11")
.Select(x => new PermisoWrapper.DeduccionPermisos
{
Permiso = true,
DiasDeducible = x.PermisoDetalles.Where(z => z.MotivosPermisos.deducible == true && x.Activo == true).Sum(z => z.Dias),
HorasDeducible = x.PermisoDetalles.Where(z => z.MotivosPermisos.deducible == true).Sum(z => z.Horas),
DiasNoDeducible = x.PermisoDetalles.Where(z => z.MotivosPermisos.deducible == false).Sum(z => z.Dias),
HorasNoDeducible = x.PermisoDetalles.Where(z => z.MotivosPermisos.deducible == false).Sum(z => z.Horas),
}).FirstOrDefault();